Eso suele ser por abrir archivos act mientras tienes está buscando el tipo .gpl. Reintentalo cambiándolo. Fíjate que al abrir una paleta, a la derecha te sale que puede buscar en .gpl , .act, .pal...
Creo que ése el problema porque APE por defecto siempre abre como primera opción archivos de paleta .gpl.
Es como por ejemplo en Character Maker Pro, que al querer abrir un archivo por defecto busca .bmp pero también puede abrir .png's
Espero haberte ayudado ¡Un abrazo!