Lo primero es ver en qué slot se encuentra la paleta de colores de la caja, para eso usa el emulador y mira a ver dónde se carga, es muy probable que se encuentre en un slot de BG, pq no creo que esa caja sea un OBJ.
Luego desactivarla desde el DNS. En caso de que al desactivar esa paleta afecte a otros gráficos ya tendrías que modificar el código de batalla para hacer que la paleta de la caja se cargue en otro Slot o use colores de otra paleta.
En todo caso es un lataso hacer eso y más si no tienes noción de ingenieria inversa o al menos C para leer el proyecto de Decomp y poder hacer un nuevo código.
Consejo, usa Decomp y en caso de que por X motivos no puedas ya usa CFRU.