Verás, habían otras serie de eventos en esas mazmorras extra, como una post-historia bastante larguita, capítulos especiales, poder reclutar Pokémon legendarios, poder coleccionar objetos extraños o enfrentarte a desafíos con dificultad añadida, otro problema de quitar mazmorras en PMM añade otra desventaja, podrás seleccionar menos Pokémon para reclutar (aunque no estoy seguro de que esté al 100% relacionado, pero es cierto que habría que añadirse más variedad).
PD: Ese extra no está nada mal.