Se utilizan varios programas para el proceso de la converisión a CIA.
Hay tutoriales dedicados a ello, yo encontré uno en GBATemp.
Con un programa llamado 3DS simple GBA converter y te hará todo el proceso.
Si quieres te explico como va, aunque tengo que decir que existe un incoveniente al momento de guardar la partida, yo me he buscado un tutorial y pues he tenido que editar algo con HxD para que deje guardar la partida, aunque no parece solventar el problema de todo.