A ver, según veo, deberías fijarte en un ROM original, para que veas como está la configuracion y la pongas igual.
Respecto a lo segundo, tambien se solucionaría con un FR original, con la ROM original, buscas la Tbox een NSE, arriba, te pone el offset, lo apuntas.
Ahora vas con tu ROM modificada a HxD, y buscas ese offset que has apuntado, pero permutado y lo sustituyes por el offset de tu Tbox (tambien la puedes ver en NSE) y debería funcionar, igual deberías hacer lo mismo con las paletas.