De verdad que me imaginé de todo menos que no estuviese bien indexada la imágen.
Por lo que veo insertaste bien las paletas y seguiste en tutorial al pié de la letra. El error está en que estás usando el color blanco de fondo para colorear la bata del sprite. Recuerda que siempre el primer color será el fondo y este será usado para la transparencia, por lo que no lo puedes incluir entre los colores del sprite.
Por lo que veo el sprite está bien insertado. Obviamente el problema es la asignación o sustitución de paleta.
Pásame el ROM y el sprite y te digo cual es el problema porque estoy seguro que el tutorial está bien, pues he cambiado todos los sprites con ese método (incluso añadiendo más de 16 colores por sprite) y no he tenido ningún problema
En que podría ayudarte? El tutorial lo he hecho yo mismo con los pasos que ahí indico. No podría indicarte otra cosa adicional a lo que dice el tutorial.
Más bien explicame exactamente cual es el problema que tienes al insertar los largesprites? Como así que siempre hay una paleta que te queda mal? Te refieres a una paleta o a un color de la paleta en específico?