puedes hacer un git pull desde la linea de comandos de git. en caso de que tu repo sea un fork de pokecrystal, harías git pull upstream master. Si hubiese algun tipo de conflicto entre las dos versiones en algun sitio deberias reslver el conflicto escogiedo la version de ese cambio (o creando una nueva version). en caso de conflicto podras ver las dos versiones de la zona en donde se produjo el conflicto entre caraceres especiales (<<<<<< y >>>>>>) para que puedas resolverlo. Luego haras un nuevo commit para publicar los cambios tras resolver el conflicto.