Con Sprite editor únicamente, porque es el que uso, simplemente abres el programa, buscas el nombre del pokémon que quieres reemplazar, teniendo una paleta de 16 colores máximo, ajustas la paleta y guardas ñ.ñ
Sí es con otro programa, me imagino que además de todo lo que te he dicho tienes que indexar el sprite, yo los indexo en photoshop, pero aún así yo lo prefiero de la primera forma, con sprite editor.