Usa A-Map 1.95 para las conexiones, ya que se configuran con los propios mapas y no tienes que estar probando cada cinco segundos en la ROM. Obviamente, configura las conexiones en ambos mapas, no en uno solo.
Cuando dos mapas son consecutivos y tienen diferentes tilesets secundarios, estos tienden a deformarse. Usa el mismo tileset o haz como en los propios videojuegos y utiliza un edificio de paso entre ambos mapas para refrescar la pantalla y que se carguen los nuevos tiles sin problemas.