Los minis es lo de menos, esos los acabaré modificando casi 100% seguro, los exijo mas que nada por los detalles que pueda tener el sprite por detras o de lado y que yo no sepa.
Sí, bueno, ingeniándoselas con la colocación de los tiles en los tilesets y quizás con algunos scripts se puede hacer. En realidad depende de lo que quieras, hay cosas más difíciles que otras, pero en principio sí deberías poder.
Lo de los sprites no lo habia pillado bien del todo. Pero en lo otro te has expresado mal, no se pueden agregar mas pokemon facilmente, se pueden sustituir facilmente. Aunque parece lo mismo, no lo es XD,