Sí, básicamente sería esto:
setvar 0x4060 0x(pokémon) '=> Guardas el valor del pokémon en una variable (yo por ejemplo usaré la 0x4060)
special 0xBC '=> Abre el menú pokémon
waitstate
compare 0x8004 0x6 '=> Comprueba si hemos salido del menú o pulsado "B"
if 0x4 goto @salir '=> Si hemos hecho lo anterior, va a @salir
special2 0x8005 0xBA => Guarda el valor del pokémon que has elegido en la variable 0x8005 (o la que pongas)
comparevars 0x4060 0x8005 => Comprueba si ambas variables tienen el mismo valor.
if 0x1 goto @dar => Si tienen el mismo valor va a @dar (o donde sea)
[Esto es lo que pasa si el pokémon elegido no es el que querías]
Si la variable del principio (que contiene el valor del pokémon que querías) y la que te devuelve el special tienen el mismo valor, es porque el pokémon que has elegido es el que tenías que elegir.