Las opciones de rotate están donde mostré en las screenshots, pero lo de crear las capas, es con Shift+N.
No acabo de comprender eso de "pegar el sprite como tal". Si te refieres a su creación, solo abre la imagen del Poké o Fakémon y ve a Sprite>Sprite Size, modificas el tamaño al que necesites (supongo que será para RPG, así que con cualquier medida que no sobrepase los 190x190 {puede desembocar en que se vea raro}) Aunque te recomiendo en 64x64 (pokes realmente pequeños) 90x90 (pokes chicos) 128x128 (pokes medianos), 160x160 (pokes grandes) 190x190 (pokes mas grandes) o 210x210 para Celesteela. Luego creas una capa nueva (Shift+N) llamada, por ejemplo, cuerpo. Dibuja el cuerpo, pintalo, ponle los detalles, que quede bonito y pasa a la siguiente parte del cuerpo (toca el ojo en la capa del cuerpo para que no te moleste a la hora de dibujar lo demás, eso la oculta).