¿Quieres decir que cada ruta tenga que tener un peso en la historia? No creo que eso sea necesario, puse rutas para interconectar ciudades, y lugares legendarios, pero si solo quieres seguir la historia no tienes por que usarlas.
Y a parte, no lo mejoraré, ¿quién lo jugaría de nuevo? ¿por mejorar bugs? No lo creo.
Me meteré en un nuevo proyecto y usando el pokeemerald para que no me den fallos inexplicables, y como ejemplo, te digo que si en las misiones de dratini, le cambiaba los stats o simplemente el nombre de Jynx a Dratini, el juego no iniciaba xD