Y digo yo, desde mi ignorancia en cuanto a RH GBA se refiere...
¿No habría una manera de recrear la rutina que aparece en los juegos HeartGold y SoulSilver que hace que te siga el pokémon?
Primero sería necesario un comando que detecte qué pokémon hay en primer lugar en tu equipo, como los que se usan en Rubí, Zafiro y Esmeralda para desbloquear las cuevas de los Regis usando a Relicanth y Wailord.
Después se necesitarían todos los overworlds de los pokémon que aparecen en tu HackRom, con todas sus vistas y direcciones en movimiento como si de un overworld del protagonista se tratase, que se pueden conseguir fácilmente extrayéndolos de las propias ROMs de HGSS y/o BW e indexarlos para que funcionen en GBA.
Luego habría que programar una rutina que leyese qué pokémon hay en primer lugar en el equipo, y darle a cada overworld su valor correspondiente a cada pokémon de la pokédex para que la rutina lo reconozca y haga que aparezca el pokémon adecuado usando otro script.
Pero como ya digo, soy totalmente un novato de GBA. Es sólo una idea de cómo podría funcionar. Desconozco si en GBA disponéis de los conocimientos suficientes para programar rutinas así.