Mi estimado colegilla no te conviene activar la Pokedex nacional ya que si lo haces cuando llegues a la liga no podrás desafiarla puesto que te pedirá que vayas al archipielago a hacer las misiones de ayudar a Lorelei conseguir el ruby y el safiro , etc. en otras palabras enfrentaras a la liga Pokemon cuando ya estén en un mayor nivel y con pokemon de otras regiones, si es lo que quieres puedes seguir ese camino pero si no solo tienes 2 opciones: si tu rom es en ingles puedes sguir este tuto
http://whackahack.com/foro/t-37000/fr-otros-habilitar-evolucion-sin-necesitar-dex-nacional esta facilisimo, pero si esta en español no esta esa direccion q muestra el tutorial, y la otra opcion es poner los pokemons de otras regiones en las islas del archipielago ya que para ese entonces ya tendras la pokedex nacional.