No creo que eso sea un error lo que pasa es que en el tilest principal has sustituido los tiles del agua por ese tile y entonces el agua te aparece de ese color, cosas que pasan las primeras veces
Seguramente sea lo que ha dicho mi compas arlas, te doy un consejo sobre lo de los tiles, nunca los sobre escribas, siempre pon donde había espacio libre, y cuando no quede lo haces mas grande.(Ahora no recuerdo como se hacia), lo único que puedes sustituir así es los arboles el suelo y tal porque se sabe lo que son ;D
No estoy seguro de que sea posible, personalmente no lo he hecho.
Sin embargo, no hay ningún problema en insertar tiles sobre los que había antes en los tilesets, de hecho dudo mucho que haya algún hacker que no lo haga jamás.
Si alguien tiene mejor idea que lo aclare, pero en principio, hasta donde yo sé, no hay problema en hacerlo.