1. Pokémon Emerald y pokeemerald no son la misma cosa.
2. gen3tools y pge son herramientas para RomHacking Binario. Lo que significa que no se usan en decompilación.
3. Es una tontería insertar eso a mano en decompilación cuando existe la Pokeemerald Expansion:
https://github.com/rh-hideout/pokeemerald-expansion/tree/master
Dicho eso, no se si te has confundido de lugar al postear. Te recomiendo que antes de empezar te leas la información básica que hay en el foro en las secciones GBA Binario y GBA Decomp y te hagas una idea de como funcionan para escoger una y no mezclar conceptos, ya que son algo distintas de trabajar.
De todos modos, ahí va mi respuesta. Si trabajas en binario, lo mejor es que uses de base Fire Red y trabajes con CFRU y DPE, te ahorrará todo eso de hacerlo a mano. Si trabajas en decomp, como dije arriba, usa la Pokeemerald Expansion.
En el foro hay información sobre todo eso. Aclara mejor qué es lo que buscas a ver si te podemos ayudar mejor