Pero... No estás especificando absolutamente NADA. ¿Qué ROM usas? ¿Qué versión de SDSME usas? ¿Qué versión de Desmume usas? ¿Cómo se supone que estás editando los edificios para ''borrarlos''? Todo eso es importante para que puedan darte una respuesta elaborada. Cuantos más datos des, mejor te podrán ayudar.
Borrar, no sé cómo habrás borrado los edificios... Imagino que desde el 'Editor de edificios' de SDSME para que no aparezca ese edificio sobre el mapa en el que estaba, ¿no? Porque como te refieras a borrar LITERALMENTE un modelo 3D de un edificio de la ROM.. estás metiendo la pata de una manera exagerada, porque el juego está programado para que detecte los datos de ese modelo 3D para usarlos en algún momento. Si eliminas esos datos de alguna forma, la ROM se volverá loca intentando encontrarlos y por eso es por lo que puede crashear. Si no quieres usar un edificio, no lo uses, o remplázalo por otro, pero no lo borres.
Repito, hasta que no expliques con mucho más detalle qué es lo que has hecho para que ahora la ROM no inicie, no te podremos ayudar.