Según
Kalos, las Mega-Piedras aparecieron después de que el Arma Definitiva se disparara, según el profesor, son piedra evolutivas irradiadas de la energía del arma definitiva, la cual está hecha de energía vital de Pokémon.
En cambio, según
Hoenn, estas aparecen luego de caer meteoritos. Si tomamos evidencia de los acontecimientos que los narra Tristana en el Pilar Celeste, podemos asegurar que hubieron por lo menos 2 caídas de meteoritos. La primera fue cuando Groudon y Kyogre pelearon, se puede deducir que en el meteorito llegaron las orbes necesarias para la Regresión Primigenia y una piedra extraña. Ambos colosales del agua y la tierra pelearon hasta que los humanos desesperados invocaron a su salvador, Rayquaza, para detenerlos, los cuales le mostraron la piedra extraña que cayó. Rayquaza se "comió" esa piedra o meteorito y gracias a ese poder pudo megaevolucionar y detener a ambos legendarios.
¿Cómo estoy tan seguro de esto? Pues al mirar las pinturas rupestres de la Cueva Granito se puede ver a Groudon y Kyogre Primigenios destruyendo el mundo, pero en la parte de arriba se puede notar un meteorito cayendo en forma de triángulo en la parte de arriba.
La segunda fue en la actualidad del juego, el cual fue roto por Rayquaza y el protagonista, saliendo un Deoxys.
En un principio no tienen mucha coherencia estas dos historias ya que explican dos hechos muy distintos en regiones muy lejanas, pero hay una forma de unirlas que resultan bastante interesante. El Arma Definitiva y el Meteorito de Deoxys. Primero que todo les voy a mostrar la descripción de Deoxys en la Pokédex:
"Tras estar expuesto a un rayo láser, el ADN de un virus espacial sufrió una mutación y dio origen a Deoxys. Según parece el órgano cristalino que este Pokémon tiene en el torso es el cerebro".
Hay una manera de unir ambas teorías, la cual radica en la palabra "rayo láser", el cual puede ser el rayo del arma definitiva que alcanzó un virus espacial, el cual mutó y creo a Deoxys. La misión del arma definitiva es destruir todo a su paso en la Tierra, quizás por eso el meteorito tiende a caer en la Tierra para destruir todo. En el meteorito no sólo se encuentra el virus espacial, si no otras piedras inertes; las cuales crearon a Deoxys y las megapiedras respectivamente y al caer en la Tierra, éstas se dispersaron en muchos lugares de Hoenn. Como cayó un meteorito hace 3000 años y Lysson disparo en arma definitiva puede que hayan más Deoxys por ahí ¿por que no?
En conclusión: Las Mega-Piedras están hechas de poder vital de Pokémon. Quizás la razón por la cual sólo algunos Pokémon megaevolucionan es por que los Pokémon que fueron usados para cargar el arma definitiva fueron los mismos que son capaces de adquirir la megaevolución.