Pues pueden ocurrir tres cosas, una, que no estén las paletas bien indexadas, cosa que dudo, por que no te dejaría insertar (Esta es la más improbable).
La otra es que hayas organizado mal los colores en comparación con los de la imagen, suele ser un error común que se suele dar a la hora de insertar cualquier cosa, y es algo que todos pasan por alto debido a que lo consideran demasiado obvio. Puede que no me hayas entendido, así que, resumiendo, a lo que me refiero es que compruebes si los colores, están puestos en el mismo orden, tanto los de la imagen original como los de la inserción en el rom.
Y por último, que hayas añadido más colores de los permitidos, es decir, si mal no recuerdo son 16, pues quizás tu hayas insertado 20 (Es un ejemplo) y en esos 4 restantes se encuentren las que se ven mal, por lo tanto coge las de la paleta, aún así también es una cosa que dudo mucho, a simple vista no parece que la imagen original exceda el límite.
Por lo tanto yo revisaría la opción dos
EDIT: Si, yo creo que se debe a la segunda opción, no lo has ordenado bien, tiene los mismo colores pero mal organizados :v
