Como ya te dijeron en el tema que creaste, no sé si te haya quedado muy claro pero la herramienta funciona unicamente con los repositorios de DizzyEgg y KDS (Emerald Battle Engine Upgrade, PokeExpansion y tal).
Dicho eso, no sé como ayudarte.
De nuevo, es cuestión de arrastrar el archivo roms.ini o test.ini dependiendo del repositorio hacia "PGEIniCreator" y ya está, el .ini se actualiza por si solo.