hmm, ahora que le hecho otro vistazo veo que te lo dije al reves: La parte de abajo es en realidad lo que se encarga de ponerlo a 0 (and a,$fe) cada vez que entra un nuevo pokemon (3e40b cae dentro de battlemonentrance). Es la parte de arriba de los asteriscos lo que se encarga de hacer fallar los items si ya se han utilizado una vez.
En vez de and a,fe puedes poner xor a, pero yo lo puse asi por si en algun momento quisiese usar algun otro bit de la misma ram address para cualquier otra cosa.
Lo de las instrucciones que tienen punto y coma con direcciones no es mas que instrucciones de las rutinas originales que quedaron sobreescritas al parchear el salto y asi (aunque el f7ca no termino de recordar a que hace referencia). Puedes usar esos datos como referencia para ver de que punto colgue cada cosa en crystal, y hacerlo en el mismo punto de la rutina en gold.