Si. Eso es porque hay ciertos bloques de Bytes 00 que en verdad son espacio vacio perfectamente utilizable. En esos tiempos en los que se pensaba que por consiguiente, todos los bytes 00 eran espacio libre, HackMew hizo que el comando #dynamic de XSE pudiese sobreescribirlos pues de nuevo, se asumia que todos los bytes 00 eran perfectamente utilizables.
Cuando se supo que asi no es como funcionaba, decidió implementar el "#freespace 0xFF" como una solución chapucera. El comando se asegura de que la aplicación busque por espacio vacio en forma de Bytes FF, como te lo está diciendo el comando.
Ese mismo error (el sobreescribir Bytes 00) lo tienen muchisimas otras herramientas, como por ejemplo Advanced Series, Advance Trainer o Advance Map (aunque este ultimo solo lo tiene por defecto, lo podés corregir desde el AdvanceMap.ini).