Es que la verdad no entiendo xD. No tiene ningún sentido que el parche rompa eso. O sea, el parche está en espacio expandido, no hay forma de que eso sobre-escriba parte de la rutina de batalla.
Comparando el rom parcheado y sin parchear con HxD, ¿te marcaba que era diferente sólo en la dirección donde tendría que estar el parche?
Es que no me explico cual puede ser el problema sino xD. Se está rompiendo algo que está en un lugar diferente a lo que se está modificando.
Pero bueno, de útima podrías insertar los instrumentos que necesites manualmente. Jota creo que que era el que hizo un tutorial de como insertar instrumentos, dentro de un tutorial de insertar midis. Era algo de como insertar midis de otros juegos de gba, por si te querés rendir con el parche y no te alcanzan los instrumentos por defecto.