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Hace 1000 años hubo una guerra por el verdadero poder de los pokemon , Arceus vio como ese poder causaba tantas guerras y decidió dividir ese poder en 3 partes , La primera es el poder de los pokemon que se conocen hoy en día , La segunda esta en la Mega-Evolución y La tercera en la Stone Resurrection cuando esas tres partes se junten saldrá un aura del pokemon elegido y su verdadero poder y el de todos los pokemon será liberado.......
300 años después
Un científico logra liberar ese poder pero lo que el no sabia era que un gran poder conllevaría una gran responsabilidad a las personas saber que el libero ese poder empiezan a forzar a los pokemon , Al eso pasar se liberó una nueva forma llamada Resurrección que libera todo el potencial de ellos , Los legendarios empiezan una guerra entre ellos por gobernar el mundo , Darkrai con su nuevo poder empieza a transformar a los pokemon , Arceus Se decide y Crea un Humano-Pokemon para detenerlos y ese eres tu.