Por supuesto que puedes tener más de un sistema. Yo tengo 5 distintos (tres linux, un windos para lo vicios de juegos que no hay en linux o mac y Mac OS X) XD.
Bien. El mejor linux es CentOS (clon de Red Hat Enterprise Linux, pero gratuito. Son el mismo), pero si no has tocado nunca linux, ni te arrimes. Ubuntu es la distribución más sencilla de todas, pero es de las peores. Debian es un poco más complicado pero va muy bien. Después tenemos Fedora, que está basada en RHEL. Va muy bien, es sencilla y la propia Red Hat apoya el proyecto metiendo paquetes suyos de vez en cuando (pero ojo con SELinux, que viene activado por defecto y los más nuevos puede darles quebraderos e cabeza, pero es fácil desactivarlo). Por último está arch que no me gusta demasiado y es complicada.
Mi recomendación es que uses Debian o Fedora. Ubuntu últimamente me ha dado bastantes problemas.