Los flags son como interruptores, pueden estar encendidos o apagados. Cuando usas el comando clearflag, pones el flag a 0 y por lo tanto el script de gatillo está activo. Si lo usas en un personaje, éste estará visible.
En cambio, si usas setflag, pones el flag a 1 y por lo tanto el script de gatillo está desactivado. Por lo tanto, un personaje estará oculto.
Si quieres que ese script esté activo, debes activarlo usando clearflag desde algún otro script, puede ser un script de nivel, o de gatillo, o un script normal como cuando hablas con un personaje.