Pues yo hice un plan....... si reemplazaba un pokemon y era evolucion de otro, intentaba que quedara exactamente despues del pokemon que evolucionaba a ese.
Pero no es tan importante por que tu puedes modificar el orden del pokedex de johto, asi haces coincidir las evoluciones aunque en el pokedex nacional van a estar en desorden.
Yo al principio estaba preocupado tanto por los pokemon que aparecen pescando/surfeando, los de los arboles y los del concurso de caza bichos, no queria que me apareciera un pokemon de fuego en el agua, o uno de roca en el concurso de caza bichos, pero al final descubrimos los datos del concurso y eso ya no es problema; de igual forma creo que los pokemon que caen de los arboles son llamados por un script, asi que tambien se pueden modificar facil, solo nos queda pendiente la localizacion de los pokemon de agua, pero una vez que los encontremos pudes reemplazar cualquier pokemon por otro