Primero cargas el tileset en el Photoshop y vas arriba a "Modo > Indexado..." luego debes asegurar que donde dice "Colores" sean 16, posiblemente salgan 18 o 19, eso es porque debes desactivar la transparencia y donde dice "Forzado" pon "Ninguno" (posiblemente diga "Blanco y negro") ahí debería darte 16 colores.
Luego insertas el tile que se indexará automáticamente para adaptarse a la imagen. Y ya luego queda guardar la imagen. Es bastante sencillo de ese modo.