Basicamente explora un poco las posibilidades que tiene el jugador. Si se encuentra alrededor del nivel 15 y con Pokémon de primera fase, los enemigos no deberían estar más que en segunda o ser de unica fase mientras estos no sean monstruosidades como Heracross o Snorlax/Chansey pre-sus evoluciones y prevoluciones.
Es bueno saber también que movimientos tiene el jugador a mano, si aun anda con 40-60 BP, los enemigos deben tener el mismo tipo de ataques, siendo la unica excepción Magnitud por su aleatoriedad.
Lo que puedes hacer es darles cobertura de movimientos sencilla, en plan un Pokémon de Agua tiene Bofetón Lodo para hacer frente a los de Electrico o que combinen movimientos de forma inteligente, pero que el jugador pueda evitarlo o luchar en igualdad de condiciones, vease, un combate doble en donde un Pokémon pone Campo Hierba para un Skiddo.
Los niveles creo que es logico, intenta mantener al lider 5 niveles por encima de los salvajes a lo mucho y si no puedes, monta una curva de experiencia mediante entrenadores que lleve al jugador al nivel del Lider. Un jugador puede lidiar con un Lider 2-3 niveles menos que el si este no tiene una distribución de EVs e IVs muy bruta (se que en HR no podeis hacer EVs, pero los IVs de los primeros combates deberían ser bajos 0-5 y algun 10-15 ocasional reservado en jefes)
Puedes basarte en juegos oficiales como Platino o Blanco y Negro o hacks como los de Drayano, que son buenos ejemplos.