Si tenemos en cuenta la premisa de que quieres hacer el juego jugable en teléfonos móviles, la recomendación es un ROM Hack, porque hay poco soporte para la plataforma de Enterbrain (RPG Maker XP tiene un emulador, pero nada comparado a GBA).
Respecto a la dificultad, es más costoso un hack que un proyecto en RPGXP, debido a las constantes limitaciones con que te puedes encontrar en el ROM Hacking. Sin embargo, un proyecto en RPG Maker puede llegar a ocupar muchísimo más tamaño que un Hackrom y no ser bien ejecutado por algunos ordenadores medianamente limitados.
RPG Maker presenta ventajas como la creación de eventos (el homólogo de los scripts de GBA) más intuitiva, gracias a un menú desplegable con todas las funciones que se pueden implementar, así como no tener que usar código hexadecimal, sino que se basa en el lenguaje de programación Ruby.
Además, a la hora de insertar elementos gráficos tienes total libertad de colores y es tan sencillo como abrir el explorador de archivos del programa, buscar la carpeta correspondiente e insertar el gráfico.
Sin embargo, este engine es únicamente una reproducción de los juegos de Pokémon, además de no presentar todas las mecánicas de la saga (por ejemplo, los Concursos Pokémon), de modo que no obtendrás un resultado tan fidedigno como el que tendrías en un hack.
Hay más ventajas e inconvenientes pero es fácil encontrarlos en otros temas donde ya se ha debatido esta cuestión.
Te recomiendo probar ambos y decidir por ti mismo cual te gusta más.
Saludos.