Puede pasar por varias razones.
1-Antes de insertar un tile, abre el tile con CMP, guarda la paleta, y importala en el advance map, después guarda el tileset, y ahí, insertas el tile, lo digo porque en la imagen que nos muestras el tileset sigue con las paletas originales.
2-Al cargar la paleta en el advance map, los colores cambian a colores de 15 bits (según lo que tengo entendido) y cambian un poco, pero es inapreciable, si el tile que vas a insertar no tiene los colores en 15 bits, se verá así, lo digo porque ya me ha pasado varias veces. Para poner que sea de 15 bits vas al CMP ->shift+e->Seleccionas todos los colores y das click donde dice: Colores 15 bits, guardas la imágen y vuelves a probar, deberían de verse bien.