¿De que estás hablando? Claro que si se puede usar la "ñ" en una ROM Inglesa, el caracter está presente en esos juegos.
Lo puedes comprobar tú mismo mirando su codigo fuente, que fue decompilado por un grupo de personas llamado Pret y que está hosteado en GitHub a la vista de todos.
ñ minuscula en Pokémon Ruby y Sapphire:
https://github.com/pret/pokeruby/blob/9dd26a6602dd21251eaf1b1210cb6b458fe9822c/charmap.txt#L39
ñ mayuscula:
https://github.com/pret/pokeruby/blob/9dd26a6602dd21251eaf1b1210cb6b458fe9822c/charmap.txt#L20
Y en las mismas lineas del mismo archivo se encuentran ambos caracteres presentes en el codigo fuente de Fire Red, Leaf Green y Emerald.
Decompilation of Pokémon FireRed/LeafGreen. Contribute to pret/pokefirered development by creating an account on GitHub.
github.com
Decompilation of Pokémon Emerald. Contribute to pret/pokeemerald development by creating an account on GitHub.
github.com
Más aun, puedes revisar las laminas de caracteres en la carpea graphics/fonts de cualquiera de los 3 repositorios en GitHub, donde tambien aparece la "ñ".
Decompilation of Pokémon Ruby/Sapphire. Contribute to pret/pokeruby development by creating an account on GitHub.
github.com
No sé quien te dijo que la "ñ" no está presente o que no es utilizable, pero te mintió.