De poderse se puede, solo que yo no se como (Realmente, yo no lo necesito xP).
El usuario Ken o Nix deben saber como. Ademas, creo que hay un tuto en PC.
Y, para guardar las Midis en FL, tienes que ir a Options> Macros> Prepare Midi for Export (O algo asi).
O bien, reemplazar todos los canales por Midis Outs.