Sí, hay que recalcular el checksum. Tengo una rutina que hice hace tiempo para eso, pero la tendría que buscar, porque averigua dónde la metí xD
Aparte, tendrías que usar la rutina que posteé en mi tema de rutinas para desencriptar y volver a encriptar el pokémon.
La primera es para hacer que el pokémon sea shiny y la segunda para recalcular el checksum.